福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、单物种转录组、单菌基因组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。
目前可以通报的信息：
转录组线上/线下开课时间：
2025/09/12-13
临床基因组学线上/线下开课时间：
2025/8/15-17，10 月 31 到 11 月 2 日
单菌基因组线上/线下开课时间：
2025/7/25-27，9 月 26-28
宏基因组线上/线下开课时间：
2025年11月15-16
扩增子线上/线下开课时间：
2025/10/18-19
报名链接：https://www.bic.ac.cn/Training/fore/
微生物 (细菌、病毒和真菌)的全基因组测序 (Whole genome sequencing, WGS)技术已取得了长足的进步，可通过足够低的成本、可观的通量和较短的时间完成。国内外相关的公共数据库也日益充盈，积累了大量的基因组数据和完备的样本信息。此外，随着宏基因组测序越来越普遍，很多研究也不满足于只获取图谱，而是希望对目标菌进行深入分析。有了基因组数据及公共数据，如何根据特定的研究目的，运用生物信息学对数据进行整合、分析和解读，成为亟待解决的问题。
本课程利用全基因组测序(WGS)数据及生信方法，旨在研究：。
具体是：围绕细菌、病毒或真菌基因组的第二/三代测序数据 (单个或多个分离株，每株分别测序或重测序)，完成基因组组装、基因注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源。
课程的测试数据来自细菌，但其分析框架也大体适用于病毒、真菌和原生生物。以上物种，具有一般的微生物学特征：个体小、增殖快、易传播；常为单倍体，基因组小；世代周期短，进化/演化迅速。以上特征，使其数据分析具有相似的理论依据和研究目标，例如有条件在单个课程内完成：从头组装 + 重测序分析；构建三类进化树 (普通系统发育树、时间树和传播树)。
课程中，原理与实操并重，包括：基本概念、研究案例、采样原则、数据分析、图表输出和结果解读。
适用的人群：微生物学、进化生物学、传染病/流行病学、临床微生物检验、公共卫生领域 (疾控中心)的相关学生或研究人员。
本课程的技术与理论体系，也有助于微生物实验室/课题组：建立系统的基因组分析流程，完善质量管理体系，培养相关生信人才，提示软件、流程及数据库的开发方向和评估方法。
每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战操作，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课。（实际上课时顺序会略有调整）
01、02和03是课前的准备工作 (提前观看软件安装视频，或参加提前进行的软件安装直播)。
课程关键词: 细菌、病毒、真菌全基因组测序；基因组组装与注释；分子遗传与进化；核心基因组；基因组流行病学/暴发流行；传播溯源。
